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- BCFtools是一组实用程序,以Variant Call Format(VCF)及其二进制副本BCF处理变量调用。 所有命令都可以与未压缩和BGZF压缩的VCF和BCF透明地一起使用。1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB磁盘系统盘:... BCFtools是一组实用程序,以Variant Call Format(VCF)及其二进制副本BCF处理变量调用。 所有命令都可以与未压缩和BGZF压缩的VCF和BCF透明地一起使用。1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB磁盘系统盘:...
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- vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。本文档以“vcftools-0.1.16”为例进行说明1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2... vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。本文档以“vcftools-0.1.16”为例进行说明1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2...
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- Speedseq是一个快速基因组分析和注释的灵活框架,发表在Nature Method(http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3505.html)上封装了大量基因组分析的软件,比如比对软件BWA,calling SNP软件freebays,SV鉴定软件lumpy等。 Speedseq是一个快速基因组分析和注释的灵活框架,发表在Nature Method(http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3505.html)上封装了大量基因组分析的软件,比如比对软件BWA,calling SNP软件freebays,SV鉴定软件lumpy等。
- Oases是一个转录组组装器,旨在没有任何基因组组装的情况下从短读测序技术生成转录本 Oases是一个转录组组装器,旨在没有任何基因组组装的情况下从短读测序技术生成转录本
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- 1 介绍 PennCNV是一个免费软件工具,可从SNP基因分型阵列检测拷贝数变异(CNV)。目前,它可以处理来自Illumina和Affymetrix阵列的信号强度数据。通过适当准备文件格式,它还可以处理其他类型的SNP阵列和寡核苷酸阵列。PennCNV实现了一个隐藏的马尔可夫模型(HMM),该模型集成了多种信息源,以推断单个基因型样本的CNV调用。官网为:http://p... 1 介绍 PennCNV是一个免费软件工具,可从SNP基因分型阵列检测拷贝数变异(CNV)。目前,它可以处理来自Illumina和Affymetrix阵列的信号强度数据。通过适当准备文件格式,它还可以处理其他类型的SNP阵列和寡核苷酸阵列。PennCNV实现了一个隐藏的马尔可夫模型(HMM),该模型集成了多种信息源,以推断单个基因型样本的CNV调用。官网为:http://p...
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- 近期,博主在备考鲲鹏的HCIA考试,鉴于此,决定把自己在整个课程中学习了解掌握到的相关知识,以博文的方式分享给有需要的朋友! 今天分享的主题是购买云服务器! 本来购买和释放是放在一起的,尝试多次,发博文失败,只能分而发之!还望见谅! 废话就此打住,开始操作实战: 购买云服务器 步骤一: 返回... 近期,博主在备考鲲鹏的HCIA考试,鉴于此,决定把自己在整个课程中学习了解掌握到的相关知识,以博文的方式分享给有需要的朋友! 今天分享的主题是购买云服务器! 本来购买和释放是放在一起的,尝试多次,发博文失败,只能分而发之!还望见谅! 废话就此打住,开始操作实战: 购买云服务器 步骤一: 返回...
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